Autodock是一款开源的分子对接软件，最主要应用于执行配体—蛋白分子对接。它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护，另外，其用户图形化界面（GUI）工具为AutoDockTools（ADT），其第二代产品为AutoDock Vina。

AutoDock包含但不局限于以下应用：X-射线晶体学、基于结构的药物设计、先导化合物优化、虚拟筛选、组合库设计、蛋白—蛋白对接、化学机制研究。

AutoDock软件由 AutoGrid 和 AutoDock两个程序组成。其中 AutoGrid 主要负责格点中相关能量的计算，而 AutoDock 则负责构象搜索及评价。

AutoDock 在早期版本中使用的是模拟退火算法（Simulated Annealing Algorithm）来寻找配体与受体最佳的结合位置状态，而从 3.0 版本开始使用一种改良的遗传算法，即拉马克遗传算法（Lamarckian Genetic Algorithm，LGA）。测试结果表明，LGA 比传统的遗传算法和模拟退火具有更高的效率。在 LGA 方法中，作者把遗传算法和局部搜索（Local search）结合在一起，遗传算法用于全局搜索，而局部搜索用于能量优化。LGA 算法引入了拉马克的遗传理论。

同时在AutoDock中配体和受体之间结合能力采用能量匹配来评价。在1.0和2.0版本中，能量匹配得分采用简单的基于AMBER力场的非键相互作用能。非键相互作用来自于三部分的贡献：范德华相互作用，氢键相互作用以及静电相互作用。而在3.0之后的版本中AutoDock提供了半经验的自由能计算方法来评价受体和配体之间的能量匹配。为了加快计算速度，AutoDock 采用格点对接的方法，但与 DOCK中格点对接的处理方法有明显的区别。DOCK 中，格点上保存的不是能量，而是仅与受体有关的特征量。而在 AutoDock 中，格点上保存的是探针原子和受体之间的相互作用能。

• http://autodock.scripps.edu/
• https://baike.baidu.com/item/autodock/5684905?fr=aladdin