eMD为一款主要面向生物分子科学研究的分子动力学模拟软件，由中科院计算机网络信息中心高性能计算部组织牵头研发。eMD面向高性能并行计算环境，具有开放式架构设计，插件式功能模块，稳健核心计算引擎，以有机统一计算、建模和分析三个阶段。软件体系覆盖三大基本功能：软件基本架构设计、可扩展力场设计、并行计算支持。具体模块包含：原子坐标和基本属性、初始化原子速度和体系尺寸、力场参数映射、MD积分主循环、邻近列表构建、构建特点系综、体系轨迹输出、热力学统计输出、类与API接口、逻辑流程控制、数据信息可视化。eMD软件具有灵活的流程控制和数据可视化设计，可针对生物分子体系和纳米材料进行大规模并行模拟。

eMD为自主研发软件的分子动力学模拟应用软件，基于并行计算环境下分子动力学模拟软件架构(MOLY)加速模拟，突出并行计算性能与用户体验性，新力场与模拟方法可灵活集成，模块化设计并支持数据可视化。

• 体系建模与输入
  使用xml格式存储建模体系的设置参数，包含分子基本属性，拓扑结构和力场参数的文件格式，提供group，lattice、region等概念，支持逻辑划分建模功能。
• 力场支持与集成
  支撑成熟生物体系力场如AMBER、CHARMM等，涉及化学材料领域常用力场如DPD和粗粒化力场的集成。
• 计算模拟核心引擎
  支持常用verlet-velocity的积分方法，可组合并行副本模拟方式，支持广义系综增强抽样算法。
• 轨迹输出控制
  对热力学统计量和体系构象轨迹设计出可自定义输出的机制，支持xyz，pdb和xtc等轨迹存储格式。
• 流程逻辑控制
  采用swig封装低层程序模块，支持Python层的类和函数级调用控制，封装了一般MD流程模块便于逻辑控制。
• 交互式可视化设计
  基于Python模块提供Jupyter的交互式的分子动力学模拟操作，引入NGLView支持分子结构的可视化系统操作

eMD作为一款面向高性能并行计算环境的分子动力学模拟软件，针对生物大分子和纳米材料研究中分子模拟计算需求，在以下方面形成了自有特色：

• 可扩展模拟力场设计，方便用户植入新力场模型
• 提供统一异构计算软件框架，适应多种异构计算平台
• 提供较新的增强抽样算法，实现高精度的自由能计算方法
• 基于Python模块提供Jupyter的交互式操作，增强了用户在力场建模和数据分析阶段的体验

http://moly.org.cn/emd