HOOMD-blue

项目主页：http://glotzerlab.engin.umich.edu/hoomd-blue/

开发者： Joshua A. Anderson, Trung D. Nguyen, Carolyn L. Phillips and Sharon C. Glotzer

当前版本：v2.2.3

License: 开源，自定义许可


概况

HOOMD-blue由密歇根大学Glotzer实验室于2007年前后开始开发，是第一款为GPU加速从头开发的通用分子动力学软件。该软件在功能上与LAMMPS类似，面向软物质系统，支持多种粒子类型、力场和积分器。HOOMD-blue自开发之初就以GPU上的性能优化为首要目标，当前版本支持多达数千个GPU上的扩展性。由于开发者在设计思想上对LAMMPS有很多借鉴，软件对于LAMMPS用户较易上手。软件主要语言为C++，同时提供Python接口供用户进行参数配置和流程控制。该软件为开源软件，除去Glotzer实验室外还有众多其他贡献者。

主要功能

  • 分子动力学
    • 多种积分器：常见系综，Langevin dynamics，Brownian dynamics，Berendsen控温，耗散粒子动力学（DPD），FIRE能量最小化
    • 刚体动力学：支持将多个粒子组合成刚体，分别计算受力
    • 多种相互作用类型，包括成键、非键、各项异性作用
    • 高效邻近列表算法
    • 外场：周期性、恒定力、电场
    • 多种约束
    • 多体势：EAM、Tersoff、square density
  • 支持硬粒子蒙特卡洛模拟
  • 支持2D及3D盒子
  • Python界面支持参数设置及流程控制
  • 可通过VMD进行可视化
  • 可输出热力学性质至文本或HDF5

参考资料

February 8, 2018 Comments Off on HOOMD-blue


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