MOE（Molecular Operating Environment）是由加拿大化学计算集团公司Chemical Computing Group Inc.开发的针对制药和生命科学的综合软件系统。它是一个综合的应用环境和技术开发平台，集可视化、模拟和应用开发于一体。它包含分子建模模拟、蛋白同源建模、抗体建模、基于结构的药物设计、药效团、分子对接、结构-活性分析、定量构效关系、骨架置换、基于片段的药物设计、蛋白属性预测、蛋白定点突变等多达50多个功能模块，是一个功能强大完整的药物设计平台，支持从小分子药物到大分子药物设计的方方面面。

• 分子建模和模拟：MOE内部的有机化学结构表示方法和灵活的框架体系为分子建模和计算化学提供了可靠的基础。直观的分子编辑器、文件格式处理、验证力场选择、强大的建模应用程序及用户定制性都使得MOE成为工业中最具灵活性的分子建模环境。
• 蛋白建模和生物信息学：MOE平台中经过CASP验证的蛋白质同源建模功能强大且直观易用。无论是普通蛋白还是抗体，单体或多聚体的模建都能在MOE中快速精确的完成模建。通过清晰的三维视图可以直观地看到蛋白质内部的相互作用，也可以绘制出蛋白表面的性质。同时蛋白突变模拟能为生物大分子药物设计提供全新的解决方法。
• 基于结构的药物设计：MOE提供了基于结构的药物设计的丰富灵活的多种功能。通过对有机化合物的模拟，用户可以方便地在结合空腔内通过多种不同的方法进行分子设计。通过MOE也可以从各个不同的角度对蛋白和配体的相互作用进行可视化观察或是评价其亲和力强度。
• 化学信息学与高通量发现：MOE内嵌的方法可以应用于大批量分子属性计算、建模和模拟。分子属性计算、定量构效关系模型建立、指纹图谱、聚类和多样性分析均可以应用于高通量的化合物筛选分析。
• 药效团建模：MOE的药效团建模是一种强大的产生并利用3D几何信息进行新颖活性化合物搜索的方法，特别是当缺乏受体结构信息的时候。药效团方法使用一种概括化的配体代表方法和几何约束，可以避免2D方法引起的结构和化学类别偏差。
• 数据内容与开发环境：除了图形界面应用外，MOE还提供了开发工具箱可以让用户修改已有的应用功能，或是创建生命科学领域的新的应用功能。分子模拟专家、应用程序开发者以及普通用户可以通过共享MOE这同一个软件系统而获益。由应用程序开发者编写的功能可以由分子模拟专家验证，随后发布给普通用户在图形界面或网页界面下使用。

• https://baike.baidu.com/item/moe/380636?fr=aladdin
• http://www.cloudscientific.com/plus/view.php?aid=12