Desmond
概况
Desmond由D. E. Shaw Research开发,针对生物体系进行高效率模拟。软件利用创新并行算法和数值方法来实现多种平台上的高效运行。
Desmond对非商业用户免费且公开源代码,并被Folding@home项目用为动力学引擎。其商业版本作为Schrödinger模拟软件包的一部分由Schrödinger, Inc发售。
主要功能
- 支持常见分子动力学相关功能
- 温度控制:Andersen, Nosé-Hoover, and Langevin
- 压强控制:Berendsen, Martyna-Tobias-Klein, and Langevin
- PME长程静电作用
- 键约束:M-SHAKE
- 多种周期性元胞
- 能量最小化
- 空间约束
- 支持CHARMM、AMBER、OPLS力场
- 支持基于RESPA算法的多时间步长积分
- 支持基于Drude的可极化力场
- 绝对及相对自由能计算
- 通过插件支持其他模拟算法,如replica exchange等
- 高度优化的GPU加速版本
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