Desmond

项目主页:https://www.deshawresearch.com/resources_desmond.html

开发者:D. E. Shaw Research

当前版本:2017-4

License: 专有,学术界免费使用,源代码公开,商业版



概况

Desmond由D. E. Shaw Research开发,针对生物体系进行高效率模拟。软件利用创新并行算法和数值方法来实现多种平台上的高效运行。

Desmond对非商业用户免费且公开源代码,并被Folding@home项目用为动力学引擎。其商业版本作为Schrödinger模拟软件包的一部分由Schrödinger, Inc发售。

主要功能

  • 支持常见分子动力学相关功能
    • 温度控制:Andersen, Nosé-Hoover, and Langevin
    • 压强控制:Berendsen, Martyna-Tobias-Klein, and Langevin
    • PME长程静电作用
    • 键约束:M-SHAKE
    • 多种周期性元胞
    • 能量最小化
    • 空间约束
  • 支持CHARMM、AMBER、OPLS力场
  • 支持基于RESPA算法的多时间步长积分
  • 支持基于Drude的可极化力场
  • 绝对及相对自由能计算
  • 通过插件支持其他模拟算法,如replica exchange等
  • 高度优化的GPU加速版本


参考资料



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